Т.е вы пытаетесь установить один и тот же модуль дважды? Это не прокатит.
Тут немного другая система.
Непосредственно любое расширение устанавлиется в свои подпапки кмс (компоненты, модули, плагины). Если менять чисто оформление на уровне ксс - то вам достаточно просто в настройках модуля прописать дополнительный класс суффикса. И на этот класс прописать стили оформления в ксс шаблона. Если же нужно вмешательство на уровне кода шаблона вывода модуля - то в папке шаблона сайта есть папка штмль, в ней дублируются шаблоны на установленные расширения. Соответственно по нужной структуре вы создаете папку расширения и кидаете туда пхп файл, который на уровне шаблона сайта будет заменять оригинальный шаблон модуля.
Вот скрин наглядный, в шаблоне katia в папке html замена модуля входа mod_login
Так же там видно что на уровне шаблона сайта заменены системные шаблоны компонентов К2, Phocaguestbook, стандартного контента, контактов, модуля поиска, бредскрамбса и тп.